La fundación del Convento de Santa Clara se debe a la riqueza y a la benevolencia de Diego de Tapia, cacique indígena, que tuvo una hija legítima nacida a finales del siglo XVI, Luisa, a quien deseaba dar estado digno de su nobleza, lo consultó con su confesor, el guardián de los franciscanos. El fraile, ni tardo, ni perezoso, sugirió la creación de un recinto monacal que beneficiaría a la población, a la Iglesia y especialmente a su Orden. Diego obedeció la voluntad del clérigo y antes de iniciar los trámites burocráticos correspondientes, levó a su hija al convento de Santa Clara de México, en la calidad de “niña” para que se educara como doncella española. Más tarde, cuando todo estuvo arreglado, Luisa volvió a Querétaro acompañada de varias monjas, las que dieron fundamento a la institución.
Fray Miguel López consiguió las licencias necesarias, previa donación de gran parte de los caudales de Diego, heredados de su padre, el conquistador Fernando de Tapia, éstas fueron el permiso virreinal y la venia arzobispal que expidió el Cabildo por estar la sede vacante.